Assessment of genetic variation in Caucasian whortleberry (Vaccinium arctostaphylos L.) of Ardabil province by molecular markers

Puor Mohabat, adel (2018) Assessment of genetic variation in Caucasian whortleberry (Vaccinium arctostaphylos L.) of Ardabil province by molecular markers. Masters thesis, University of Mohaghegh Ardabili.

[img]
Preview
Text (بررسی تنوع ژنتیکی گیاه قره¬قاط (Vaccinium arctostaphylos L.) در رویشگاه¬های استان اردبیل با استفاده از نشانگرهای مولکولی)
Adel Puor Mohabat.pdf

Download (1MB) | Preview
Official URL: http://www.uma.ac.ir

Abstract

Caucasian whortleberry (Vaccinium arctostaphylos L.) is perennial plant from Ericaceae family, that fruit and leaves this plant were used to treat diabetes and blood pressure in Iran traditional medicine. This species is the only Vaccinium species in Iran and grows under the shade of beech trees. The young leaves of 30 qaraqat genotypes were collected from three different regions in its natural habitat in Ardebil province, including: Souha, Saghezchi andzandaneh on Khalkhal-Punel Road. Total genomic DNA of genotypes was extracted accord¬ing to the CTAB method with a few changes. Six ISSR primers generated 30 scorable bands that 19 were polymorphic, with average polymorphism information content (PIC) of 0.34. The genetic similarity of the genotypes with Jaccard's coefficient shows the lowest genetic distance between 7-Souha and 1-Zandan genotypes and the highest genetic distance between 10-Souha and 5- Saghezgenotypes. In the Neighbor-Joining dendrogram the genotypes clustered in to five major groups based on the Jaccard's coefficient. The study of the samples was also performed using eight SCoT markers. The highest number of bands multiplied by SCoT1 marker. Average polymorphic information content was 0.31 and the highest polymorphism was calculated to SCoT5 marker with 0.45. The genetic similarity of the samples with Jaccard's coefficient varied from 0.15 to 0.82, with the lowest genetic distance between 6-Souha genotypes with 8-souha and the highest genetic distance between genotypes 10-Souha and 5- Saghez was observed. Drawing the dendrogram using the NJ clustering algorithm method, genotypes were divided into six groups.

Item Type: Thesis (Masters)
Persian Title: بررسی تنوع ژنتیکی گیاه قره¬قاط (Vaccinium arctostaphylos L.) در رویشگاه¬های استان اردبیل با استفاده از نشانگرهای مولکولی
Persian Abstract: قره¬قاط با نام علمی Vaccinium arctostaphylos L. گیاه چند ساله و متعلق به تیره اریکاسه است که در طب سنتی ایران به¬عنوان یک گیاه دارویی مهم بوده که از میوه و برگ¬های آن به¬عنوان یک عامل ضد دیابت و ضد فشار خون استفاده می¬شود. این گونه تنها گونه¬ی موجود در ایران از سررده وکسینیوم بوده و زیر درختان راش بصورت درختچه رشد می¬کند. در تحقیق حاضر، برگ¬های جوان قره¬قاط از تعداد 30 ژنوتیپ انتخابی از سه منطقه مختلف در رویشگاه‌ طبیعی آن در استان اردبیل شامل سوها و سقزچی شهرستان نمین و محله زندانه در جاده خلخال- پونل جمع‌آوری‌ شد. استخراج DNA از نمونه¬های برگی جوان با استفاده از روش CTAB با کمی تغییرات انجام شد و با استفاده از شش نشانگر ISSR تکثیر آن صورت گرفت. تعداد کل باندهای ایجاد شده توسط نشانگرها 461 باند بود که بیشترین تعداد باند توسط آغازگر ISSR 11 تکثیر شد. میانگین اطلاعات چندشکلی نشانگرها 34/0 بدست آمد که بیشترین چندشکلی مربوط به نشانگر ISSR17 به¬میزان 38/0 محاسبه شد. تشابه ژنتیکی نمونه¬های مورد بررسی با استفاده از ضریب تشابه جاکارد از 23/0 تا 82/0 متغیر بود که کمترین تشابه بین ژنوتیپ 7-Souha با 1-Zandan و بیشترین تشابه نیز بین ژنوتیپ¬¬های 3-Saghez و 6-Saghez مشاهده گردید. رسم دندروگرام با استفاده از روش الگوریتم تجزیه¬ی خوشه¬ای NJ ، ژنوتیپ¬ها را به ده گروه تقسیم¬بندی کرد. همچنین مطالعه نمونه¬ها با استفاده از 13 نشانگر SCoT نیز بررسی شد که به¬دلیل مشاهده نشدن چندشکلی در پنج نشانگر، نتایج هشت نشانگر دیگر در تجزیه و تحلیل داده¬ها مورد استفاده قرار گرفت. تعداد کل باندهای ایجاد شده توسط نشانگرها 527 باند بود که بیشترین تعداد باند توسط آغازگر SCoT1 تکثیر شد. میانگین اطلاعات چندشکلی نشانگرها 31/0 بدست آمد که بیشترین چندشکلی مربوط به نشانگر SCoT5 به¬میزان 45/0 محاسبه شد. تشابه ژنتیکی نمونه¬های مورد بررسی با استفاده از ضریب تشابه جاکارد از 15/0 تا 82/0 متغیر بود که کمترین فاصله ژنتیکی بین ژنوتیپ¬های 6-Souha با 8-souha و بیشترین فاصله ژنتیکی نیز بین ژنوتیپ¬¬های 10-Souha و 5-Saghez مشاهده شد. رسم دندروگرام با استفاده از روش الگوریتم تجزیه¬ی خوشه¬ای NJ ، ژنوتیپ¬ها را به شش گروه تقسیم¬بندی کرد
Supervisor:
SupervisorE-mail
Ghanbari, AlirezaUNSPECIFIED
Estaji, AsgarUNSPECIFIED
Advisor:
AdvisorE-mail
Torabi Geglu, MousaUNSPECIFIED
Fathi, MojtabaUNSPECIFIED
Subjects: Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Horticulture
Divisions > Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Horticulture
Divisions: Subjects > Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Horticulture
Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Horticulture
Date Deposited: 03 Oct 2018 11:50
Last Modified: 03 Oct 2018 11:50
URI: http://repository.uma.ac.ir/id/eprint/341

Actions (login required)

View Item View Item