Documenting biodiversity in some native Salvia species of Iran using rbcL barcode and evaluation of phytochemical diversity in Salvia spinosa and Salvia

Alibabaei, Fariba (2017) Documenting biodiversity in some native Salvia species of Iran using rbcL barcode and evaluation of phytochemical diversity in Salvia spinosa and Salvia. Masters thesis, University of Mohaghegh Ardabili.

[img]
Preview
Text (مستندسازی تنوع زیستی برخی از گونه¬های سالویا بومی ایران با استفاده از بارکد rbcL و ارزیابی تنوع فیتوشیمیایی دو گونه¬¬ی Salvia spinosa و Salvia nemorosa)
فریبا علیبابائی 9333444108.pdf

Download (1MB) | Preview
Official URL: http://www.uma.ac.ir

Abstract

Salvia L. is an important genus from Lamiaceae family that has about 900 species in the world, including 58 species in Iran, Some of these are annual and perennial herbaceous, which 17 species of them are endemic. In this study, Salvia nemorosa and Salvia spinosa were studied in terms of essential oil content and variety of chemical compounds were present in them. The essential oil samples was extracted by steam distillation and their chemical compounds were detected by Gas Chromatography–Mass Spectrometry (GC-MS). The major components of essential oil of Salvia nemorosa collected from Arasbaran-Varzaqan region inclide α-Thujone (32.66%), 1,8-Cineole (22.18%) and Heptan-2-one (10.66% ), from Tabriz-Varzaqan region were Trans-Caryophyllene (17.82%), 1,8-Cineole (8.86%) and α-Cadinol (8.02%), Ardabil-Hir region contain Trans-Caryophyllene (14.33%) and 1,8-Cineole (13.67%), Ardabil-Kosar region were Trans-Caryophyllene (18.03%) and 1,8-Cineole (11.89%) and Qazvin region inclide Delta-Cadinene (8.87%), Cadinol (8.03%), Torreyol (7.94%) and trans-Caryophyllene (6.96%). The major components of essential oil of Salvia spinosa collected from the Mianeh region (route of Allahlu to Ahmadabad) were Beta-Caryophyllene (17.27%), Germacrene-D (10.82%), Benzoic acid (9.51% ) and Alpha-copaene (7.95%), Mianeh to Zanjan region contain trans-Caryophyllene (32.17%), Germacrene-D (31.23%) and Alpha-copaene (13.72%), Tabriz-Spiran village region include trans-Caryophyllene (17.42%), Germacrene-D (16.57%), Hexahydro-azocinone (11.57%), Mianeh- Ahmadabad Garoos village region contain trans-Caryophyllene (10.37%) and 1-Decene (10.14%). Also, in this study, the DNA barcoding of several native Salvia species using rbcL intergenic spacer region. The genomic DNA of all samples was extracted and PCR products were sent to Tekupozit company for sequencing. DNA Star and MEGA6 softwares were used for data analysis. The length of amplified rbcL barcodes were 600 bp, which amplifing and sequencing of them were 100% successful. The sequences analysis showed that PCR products were part of rbcL locus and belonged to Salvia genus. Using the MEGA6 software, phylogenetic trees constructed based on Neighbor-joining method with 1000 bootstraps for sequencing samples of different Salvia species as well as various genus of Lamiaceae family retrieved from NCBI database. According to the results, the rbcL barcode was not able to separate the different species of Salvia genus due to the low speed of evolution, while separated correctly different genus of Lamiaceae family from each other.

Item Type: Thesis (Masters)
Persian Title: مستندسازی تنوع زیستی برخی از گونه¬های سالویا بومی ایران با استفاده از بارکد rbcL و ارزیابی تنوع فیتوشیمیایی دو گونه¬¬ی Salvia spinosa و Salvia nemorosa
Persian Abstract: مریم¬گلی (Salvia L.) جنسی مهم از خانواده نعناعیان (Lamiaceae) است که دارای حدود 900 گونه در دنیا می¬باشد که 58 گونه گیاه علفی یک¬ساله و چندساله آن در ایران می¬روید و از این تعداد 17 گونه¬ انحصاری ایران هستند. در این تحقیق گونه¬های Salvia nemorosa و Salvia spinosa از لحاظ محتوی اسانس و تنوع ترکیبات شیمیایی موجود در آن¬ها مطالعه شد. اسانس نمونه¬ها به روش تقطیر با بخار آب استخراج و ترکیبات شیمیایی آن¬ها با گاز کروماتوگرافی- طیف¬سنج جرمی (GC-MS) شناسایی گردید. در اسانس گونه Salvia nemorosa جمع¬آوری-شده از منطقه ارسباران- ورزقان ترکیبات α-Thujone (66/32%)، 1,8-Cineole (18/22%) و Heptan-2-one (66/10%)، در اسانس گونه جمع¬آوری¬شده از منطقه تبریز- ورزقان ترکیبات Trans-Caryophyllene (82/17%)، 1,8-Cineole (86/8%) و Cadinol-α (02/8%)، در اسانس گونه جمع¬آوری¬شده از منطقه اردبیل- هیر ترکیبات Trans-Caryophyllene (33/14%) و 1,8-Cineole (67/13%)، در اسانس گونه جمع¬آوری¬شده از منطقه اردبیل- کوثر ترکیبات Trans-Caryophyllene (03/18%) و 1,8-Cineole (89/11%) و در اسانس گونه جمع-آوری¬شده از منطقه قزوین ترکیبات Delta-Cadinene (87/8%)، Cadinol (03/8%)، Torreyol (94/7%) و trans-Caryophyllene (96/6%) بیشترین درصد اسانس را به خود اختصاص دادند. در اسانس گونه Salvia spinosa جمع¬آوری¬شده از منطقه میانه، مسیر الله¬لو به احمدآباد ترکیبات Beta-Caryophyllene (27/17%)، Germacrene-D (82/10%)،Benzoic acid (51/9%) و Alpha-copaene (95/7%)، در اسانس گونه جمع¬آوری¬شده از منطقه میانه به زنجان ترکیبات trans-Caryophyllene (17/32%)، Germacrene-D (23/31%) و Alpha-copaene (72/13)، در اسانس گونه جمع¬آوری¬شده از منطقه تبریز، مسیر روستای اسپیران ترکیبات trans-Caryophyllene (42/17%)، Germacrene-D (57/16%) و Hexahydro-azocinone (57/11%)، در اسانس گونه جمع¬آوری¬شده از منطقه میانه، مسیر روستای احمد¬آباد گروس ترکیبات trans-Caryophyllene (37/10%) و1-Decene (14/10%)، عمده¬ترین ترکیبات اسانس بودند. همچنین، در این پژوهش بارکدگذاری DNA چند گونه مریم¬گلی بومی ایران با استفاده از آغازگرهای مکان¬ژنی rbcL انجام گرفت. DNA ژنومی همه نمونه¬ها استخراج شد و فرآورده¬های PCR برای توالی¬یابی به شرکت تکاپوزیست ارسال گردید. برای تجزیه و تحلیل داده¬ها از نرم¬افزارهای DNA Star و MEGA6 استفاده شد. طول قطعه ژنی rbcL، 600 جفت¬ باز بود که تکثیر و توالی¬یابی آن 100 درصد موفقیت¬آمیز بود. نتایج تجزیه و تحلیل توالی¬ها نشان داد که قطعات تکثیرشده بخشی از مکان ژنی rbcL و متعلق به جنس مریم¬گلی بودند. با استفاده از نرم-افزار MEGA6، درخت خویشاوندی براساس روش Neighbor-joining با 1000 پشتوانه تکرار برای نمونه¬های توالی¬یابی¬شده گونه¬های مختلف Salvia و همچنین جنس¬های مختلف خانواده Lamiaceae جمع¬آوری¬شده از پایگاه داده NCBI ترسیم گردید. طبق نتایج حاصل، بارکد rbcL به دلیل سرعت پایین تکامل قادر به تفکیک گونه¬های مختلف جنس Salvia از یکدیگر نبود، در حالی¬که جنس¬های مختلف خانواده Lamiaceae را به درستی از یکدیگر تفکیک نمود
Supervisor:
SupervisorE-mail
Dezhsetan, SaraUNSPECIFIED
Sefidkon, FatemehUNSPECIFIED
Advisor:
AdvisorE-mail
Behnamian, MahdiUNSPECIFIED
Subjects: Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Divisions > Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Divisions: Subjects > Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Date Deposited: 06 Oct 2018 07:58
Last Modified: 06 Oct 2018 07:58
URI: http://repository.uma.ac.ir/id/eprint/364

Actions (login required)

View Item View Item