Investigation of genetic structure in native horses’ population using mitochondrial marker in North-west of Iran

Omri Kulankoh, Mostafa (2017) Investigation of genetic structure in native horses’ population using mitochondrial marker in North-west of Iran. Masters thesis, University of Mohaghegh Ardabili.

[img]
Preview
Text (بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت اسبهای شمالغرب با استفاده نشانگر میتوکندریایی)
Mostafa Omri Kulankoh.pdf

Download (1MB) | Preview
Official URL: http://www.uma.ac.ir

Abstract

The source and history of horse domestication have been studied for decades in biology and archeology. Mitochondrial genome, due to the high mutation rate, lack of recombination and maternal inheritance consider as a powerful marker in phylogenetic and phylogeographic. this study was to evaluate the genetic structure and genetic relationship between sex breeds of native horses’ using mitochondrial genome. Blood samples were collected from jugular vein 96 horse. Total DNA was extracted using DNA extraction kit(Exgene). Specific primers were used to amplify 430 bp of D-Loop region and sequenced using Sanger sequencing methods. The sequences were analyzed with bioinformatics software. The results showed that the high genetic diversity in the investigated populations. Genetic and haplotype diversity were 0.0233 and 0.980 respectively. The highest differentiate genetic was observed between Kord and Darehshori (fst=0.193) and the lowest differentiate genetic was between native horses population North-West and establ ardabil (Fst= 0.003). The lowest genetic distance (DXY= 0.02259) was observed between Arab and native horses population North-West breeds and The highest genetic distance (DXY= 0.02606) was observed between Kord and Darehshori. Tajima D 0.441 was obtained for all samples which was not significant at level 1. p> 0. horses have close genetic relationship and there are more gene fellow and genetic mixture. Keywords: Horse, Sequencing, Nucleotide diversity, diversity Genetic, D-loop,

Item Type: Thesis (Masters)
Persian Title: بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت اسبهای شمالغرب با استفاده نشانگر میتوکندریایی
Persian Abstract: منشأ و تاریخ اهلی شدن اسب چندین دهه در زیست‌شناسی و باستان‌شناسی موردمطالعه قرارگرفته است. ژنوم میتوکندریایی با توجه به نرخ جهش بالا، عدم نوترکیبی و ارث‌بری مادری یک نشانگر قدرتمند در مطالعات فیلوژنتیک و فیلوژئوگرافیک به‌حساب می‌آید. این پژوهش با هدف بررسی ساختار ژنتیکی و ارتباط ژنتیکی۶ جمعیت اسب بومی ایران با استفاده از ژنوم میتوکندریایی D- loopانجام گرفت. نمونه‌های خون از سياهرگ گردني ۹۶ اسب تهیه‌شده و کل محتوای DNA ژنومی با استفاده از روش کیت استخراج DNA از خون پستانداران شرکت Exgene استخراج شد. سپس قطعات اختصاصی برای ناحیه D-LOOP به طول ۴۳۰ جفت باز تکثیر گردید و تمام نمونه ها با استفاده از روش سنگر توالی یابی شدند و از طریق نرم‌افزارهای بیوانفوراماتیکی مورد تجزیه ‌و تحلیل قرار گرفتند. نتایج نشان داد که تنوع ژنتیکی مادری بالا در نژادهای مورد بررسی‌شده وجود دارد. مقدار تنوع نوکلئوتیدی و تنوع هاپلوتیپی برای کل نمونه‌ها به ترتیب ۰۲۳۳/۰ و ۹۸۰/۰ به دست آمد. حداکثر میزان تمایز ژنتیکی (Fst) بین نژاد کرد با نژاد دره شوری (۱۹۳/۰) و کمترین مقدار تمایز ژنتیکی بین جمعیت اسب‌های بومی شمال غرب با اسب‌های موجود در باشگاه اردبیل (۰۰۳/۰) مشاهده شد. کم‌ترین سطوح فاصله ژنتيكي بین نژاد عرب با جمعیت اسب‌های بومی شمال غرب (۰۲۲۵۹/۰) و بیشترین سطوح فاصله ژنتیکی بین نژاد کرد با نژاد دره شوری (۰۲۶۰۶/۰) بدست آمد. میزان D تاجیما ۴۴۱/۰- برای کل نمونه‌ها به دست آمد که در سطح 1.p>0 معنی‌دار نبود. در کل نتایج نشان می‌دهد که جریان ژنی و اختلاط ژنتیکی در جمعیت های اسب ایران بیشتر می باشد. کلیدواژه‌ها: اسب، هاپلوتیپ، توالی یابی، ، تنوع نوکلئوتیدی ، تنوع ژنتیکی، ژنوم میتوکندریایی، D-LOOP.
Supervisor:
SupervisorE-mail
Hedayat, NematUNSPECIFIED
Boustan, AzadehUNSPECIFIED
Advisor:
AdvisorE-mail
Seyd Sharifi, RezaUNSPECIFIED
Vahedi, VahidUNSPECIFIED
Subjects: Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Animal Sciences & Food Industries
Divisions > Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Animal Sciences & Food Industries
Divisions: Subjects > Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Animal Sciences & Food Industries
Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Animal Sciences & Food Industries
Date Deposited: 07 Oct 2018 11:02
Last Modified: 07 Oct 2018 11:02
URI: http://repository.uma.ac.ir/id/eprint/483

Actions (login required)

View Item View Item