Evaluation of genetic diversity of Dactylis glomerata L. Ecotypes using RAPD markers

Panahi Torkambor, Elham and Shokrpour, Majid and Asghari, Ali and Imani, Ali- Akbar and Mohammaddoust chamanabad, Hamid- Reza (2009) Evaluation of genetic diversity of Dactylis glomerata L. Ecotypes using RAPD markers. Masters thesis, University of Mohaghegh Ardabili.

[img] Text
ااا.pdf

Download (1MB)
Official URL: http://uma.ac.ir/

Abstract

In order to study the genetic diversity within and between of Dactylis glomerata L. ecotypes using RAPD markers, seeds of 18 ecotypes from Iran and 7 ecotypes from other countries were planted in greenhouse at the Agriculture Faculty Mohaghegh Ardabili University. Fresh leaves from plants in 4 leaves stage were harvested for DNA extraction. In RAPD analysis, 8 primers from 40 tested RAPD primers, produced 73 polymorphic bands. The total number of polymorphic bands within ecotypes varied from 25 to 49 bands and genetic distance between entries based on Nei`s formula ranged from 0.051 to 0.245. The averages of total and within genetic diversity ecotypes of and the degree of genetic differentiation were estimated 0.29, 0.181 and .0378, respectively. These results showed that within ecotypes genetic diversity were greater than between ecotypes genetic diversity. Using Nei`s gene index, genetic diversity within ecotypes was estimated in the range of zero to 0.5. Molecular analysis of variance based on squared euclidean distance indicate that diversity between ecotypes were significant and larger proportion of variability existed within ecotypes (78.38 %). Cluster analysis based on molecular data, grouped the 25 Dactylis ecotypes into 8 clusters. The grouping based on molecular data showed no correspondence with the geographical pattern. Using principal coordinate analysis, the first three coordinates determined 59.48 % of the total variance. Grouping of ectypes using PCoA confirmed the results of cluster analysis.

Item Type: Thesis (Masters)
Persian Title: بررسي تنوع ژنتيكي اكوتيپ¬هاي علف باغ (Dactylis glomerata L.) بر اساس نشانگرهاي RAPD
Persian Abstract: به منظور برآورد تنوع ژنتيكي درون و بين اكوتيپ¬هاي علف باغ با استفاده از نشانگرهاي RAPD، بذر 18 اكوتيپ داخلي و 7 اكوتيپ خارجي در گلخانه دانشكده كشاورزي دانشگاه محقق اردبيلي كشت شدند. براي استخراج DNA نمونه برگي از ژنوتيپ¬ها در مرحله 4 برگي از برگ¬هاي جوان تهيه شد. در تجزيه RAPD، 8 آغازگر RAPD از 40 آغازگر مورد ارزيابي، 73 نوار چند¬شكل توليد كردند. تعداد كل نوارهاي چندشكل در درون اكوتيپ¬ها از 25 تا 49 نوار متغير بود. فاصله ژنتيكي بين اكوتيپ¬ها بر اساس ضريب ني بين 051/0 تا 245/0 برآورد شد. ميانگين تنوع ژنتيكي كل، درون اكوتيپ¬ها و درجه تمايز ژني به ترتيب 291/0، 181/0 و 378/0 برآورد گرديدند كه نشان مي¬داد تنوع درون اكوتيپ¬ها بيشتر از بين اكوتيپ¬ها است. تنوع ژنتيكي درون اكوتيپ¬ها با استفاده از شاخص ژني ني در محدوده صفر تا 5/0 برآورد شد. تجزيه واريانس مولكولي بر اساس مربع فاصله اقليدسي، تنوع معني¬داري را بين و درون اكوتيپ¬ها نشان داد. به طوري که، بخش اعظم تغييرپذيري در درون اکوتيپ¬ها (38/78 %) بود. بر اساس تجزيه خوشه¬اي داده¬هاي مولكولي، 25 اكوتيپ علف باغ در 8 گروه قرار گرفتند. گروه¬بندي بر اساس داده¬هاي مولكولي انطباقي با گروه¬بندي جغرافيايي اكوتيپ¬ها نداشت. در تجزيه به مولفه¬هاي هماهنگ اصلي، سه مولفه اول 48/59 درصد از تغييرات داده¬ها را توجيه كردند. گروه¬بندي اكوتيپ¬ها با استفاده از دو مولفه اصلي اول و دوم تا حدودي نتايج حاصل از تجزيه خوشه¬اي را تائيد كرد.
Supervisor:
SupervisorE-mail
Shokrpour, Dr. MajidUNSPECIFIED
Asghari, Dr. AliUNSPECIFIED
Advisor:
AdvisorE-mail
Imani, Dr. Ali- AkbarUNSPECIFIED
Mohammaddoust chamanabad, Dr. Hamid- RezaUNSPECIFIED
Subjects: Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Divisions > Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Divisions: Subjects > Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Date Deposited: 01 Jul 2019 05:06
Last Modified: 01 Jul 2019 05:06
URI: http://repository.uma.ac.ir/id/eprint/7164

Actions (login required)

View Item View Item