Study of genetic diversity in ecotypes of two Agropyon species

Arghavani, Ayyoub and Asghari, Ali and Shokrpour, Majid and Sofalian, Omid and Mohammad doust, Hamid Reza (2009) Study of genetic diversity in ecotypes of two Agropyon species. Masters thesis, University of Mohaghegh Ardabili.

[img] Text
ارغوانی ایران د.pdf

Download (1MB)
Official URL: http://uma.ac.ir/

Abstract

Agropyron, is a resistant plant to biotic and abiotic stresses and has a great role in producing forage at ranges in Iran. Study of genetic diversity based on different markers, have a key role in plant breeding procedure and is a important index for parental selection. This Study condueted to analyze genetic diversity in two Agropyron species, A. pectiniforme and A. elongatum, by RAPD analysis. In this study 50 tenmer RAPD primers were used and 12 primers produced distinct bands. These primers produced 142 polymorphic bands with lengths ranging 564-2000bps. On the basis of Nei,s gene index, the genetic diversity within ecotypes varied from 0.101 to 0.18. The highest and lowest of this index were obtained in ecotype of 6951 (from A. pectiniforme, 0.178) and ecotype of 3202 (from A. elongatum, 0.1014), respectively. The results showed high variation within different Agropyron ecotypes. Mean of genetic variation within (HS), total (HT) and degree of genetic differentiations (GST) were 0.13, 0.27 and 0.47, respectively Analysis of molecular variance (AMOVA) displayed significant variance within and among Agropyron ecotypes. also, in this analysis only 7.68% of total variance related to between species, 31.24% related to between ecotypes and 61.08% related to within ecotypes. Cluster analysis based on RAPD data using Nei,s genetic similarity and UPGMA method categorized the entries into four clusters. In order to study of primer efficiency used in grouping, each primer was separately analyzed. Primers of Oligo-1 and Oligo-29 were more efficient than other for distinguishing ecotypes. These may be applied to distinguish the two species and ecotypes. Using principle coordinate analysis (PCoA), the first three coordinates accounted for the 52.84% of the total variation. Classifying the ecotypes by the coordinates verified the results of cluster analysis.

Item Type: Thesis (Masters)
Persian Title: بررسي تنوع ژنتيکي اکو¬تيپ¬هاي مربوط به دو گونه از آگروپيرون
Persian Abstract: اگروپيرون يکي از گياهان مقاوم به تنش¬هاي حياتي و غيرحياتي است و نقش مهمي در توليد علوفه در مراتع ايران دارد. بررسي تنوع ژنتيکي بر اساس نشانگرهاي مختلف نقش کليدي در عمليات اصلاح نباتات دارد و يکي از مهم¬ترين شاخص¬ها براي انتخاب والدين است. اين پژوهش به منظور ارزيابي تنوع ژنتيکي دو گونه اگروپيرون(A.pectiniforme, A. elongatumm) بر اساس نشانگر¬هاي رپيد انجام گرفت. در اين بررسي از 50 آغازگر ده نوکلئو¬تيدي استفاده شد. 12 آغازگر نوارهاي مشخصي توليد کرده و مورد استفاده قرار گرفتند. در نهايت 142 نوار چند شکل در محدوده¬ي بين 2000-564 جفت باز توليد شدند. تنوع ژنتيکي درون اکوتيپ¬ها بر اساس تنوع ژني با معيار فاصله ني از 1014/0 تا 5/0 برآورد گرديد. بيشترين ميانگين سطح اين تنوع در اکوتيپ 6951 از گونه A. pectinforme با مقدار 178/0 و کمترين آن در اکوتيپ 3202 از گونه A. elongatum (1014/0) مشاهده شد. سطح تنوع بقيه اکوتيپ¬ها در حد متوسط بود. اين نتايج نشان دهنده تنوع زياد در درون اکوتيپ¬هاي مختلف اگروپيرون بود. ميانگين تنوع ژنتيکي درون(HS) و کل (HT) به ترتيب 13/0 و 27/0 و ميانگين درجه تمايز ژني (GST) بين اکوتيپ¬ها در تمام مکان¬ها 47/0 برآورد شد. همچنين نتايج تجزيه واريانس مولكولي نشان داد كه تنوع ژنتيكي بين گونه¬ها و بين ژنوتيپ¬هاي درون گونه¬ها و درون ژنوتيپ¬هاي مورد مطالعه در سطح احتمال 1 درصد معني دار بود. همچنين در توافق با ميانگين درجه تمايز ژني فقط 68/7 درصد از تنوع کل مربوط به تنوع بين دو گونه بود و همچنين ميزان 24/31 درصد آن به تنوع بين اکوتيپ¬هاي درون هر گونه و 08/61 درصد آن مربوط به درون اکوتيپ¬ها مي¬باشد. دندروگرام بر اساس ضريب تشابه ني به روش UPGMA رسم شد. براساس اين ضرايب ده اکوتيپ در چهار گروه قرار گرفتند. جهت بررسي کارايي آغازگرهاي مورد استفاده در گروه بندي افراد هر يک ازآغازگر به تنهايي نيز مورد بررسي قرار گرفتند. با توجه به اين بررسي مشاهده گرديد که پرايمر¬هاي Oligo-1 و Oligo-29 بهتر از پرايمر¬هاي ديگر اکوتيپ¬ها را گروه¬بندي نمودند. به منظور تعيين روابط ژنتيكي بين ژنوتيپ¬ها و نيز مشاهده فواصل بين ژنوتيپ¬ها تجزيه به مولفه¬هاي هماهنگ اصلي نيز به عنوان روشي مكمل براي تجزيه خوشه¬اي، انجام گرفت. نتايج نشان داد كه سه مولفه اصلي اول مجموعاً 84/52 درصد تغييرات داده¬ها را توجيه كردند. مولفه اول 28/29 درصد از تنوع كل را تبيين نمود. اين مقدار براي مولفه¬هاي دوم و سوم به ترتيب 28/19 و 28/14 درصد بود. با توجه به نتايج به دست آمده مي¬توان اظهار داشت که برخي از اکوتيپ¬هاي اگروپيرون مورد مطالعه منبع بالقوه براي ژن¬هاي مختلف هستند.
Supervisor:
SupervisorE-mail
Asghari, Dr. AliUNSPECIFIED
Shokrpour, Dr. MajidUNSPECIFIED
Advisor:
AdvisorE-mail
Sofalian, Dr. OmidUNSPECIFIED
Mohammad doust, Dr. Hamid RezaUNSPECIFIED
Subjects: Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Divisions > Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Divisions: Subjects > Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Date Deposited: 01 Jul 2019 05:02
Last Modified: 01 Jul 2019 05:02
URI: http://repository.uma.ac.ir/id/eprint/7167

Actions (login required)

View Item View Item