Genome scanning for identification and mapping of receptor-like kinase (RLK) gene superfamily in Solanum tuberosum

دژستان, سارا (2017) Genome scanning for identification and mapping of receptor-like kinase (RLK) gene superfamily in Solanum tuberosum. University of Mohaghegh Ardabili, University of Mohaghegh Ardabili.

[img] Text
گزارش طرح RLK.pdf

Download (1MB)
Official URL: http://uma.ac.ir/

Abstract

Receptor-like kinases (RLKs) are a key class of genes that contribute to diverse phenomena from plant development to defense responses. The availability of completed potato genome sequences provide an excellent opportunity to identify and characterize RLK gene superfamily in this lineage. We identified 747 non-redundant RLK genes in the potato genome that were classified into 52 subfamilies, of which 58% members organized into tandem repeats. Nine of potato RLK subfamilies organized into tandem repeats. Also, six subfamilies exhibited lineage- pecific expansion compared to Arabidopsis. The majority of RLK genes were physically organized within heterogeneous and homogeneous clusters on chromosomes and were unevenly distributed on the genome. Chromosome 2, 3 and 7 contained the highest number of RLK genes and the most underrepresented chromosomes were chromosome 8, 10 and 11. Taken together, our results provide a framework for future efforts on comparative, evolutionary and functional studies of the members of RLK superfamily.

Item Type: Other
Persian Title: پایش ژنوم سیب¬زمینی (Solanum tuberosum) برای شناسایی و مکان¬یابی ابرخانواده کیناز شبه¬گیرنده (RLK)
Persian Abstract: کینازهای شبه¬گیرنده (RLKs) یک گروه کلیدی از ژن¬ها هستند که در پدیده¬های متنوع از توسعه گیاهان تا پاسخ¬های دفاعی شرکت می¬کنند. دسترسی به توالی¬های کامل ژنوم سیب¬زمینی یک فرصت عالی برای شناسایی و تعیین خصوصیات ابرخانواده ژنی RLK در این گیاه فراهم نمود. در این پژوهش 747 ژن RLK غیرتکراری در ژنوم سیب¬زمینی شناسایی شد که در 52 زیرخانواده طبقه¬بندی شدند که 58 % اعضای این خانواده در تکرارهای متوالی سازمان¬دهی شدند. 9 تا از زیرخانواده¬های RLK سیب¬زمینی در تکرارهای متوالی سازمان یافتند. همچنین، شش زیرخانواده گسترش اختصاصی گونه در مقایسه با آرابیدوپسیس نشان دادند. اکثریت ژن¬های RLK به¬صورت فیزیکی در خوشه¬های همگن یا ناهمگن روی کروموزوم¬ها قرار گرفتند و به¬صورت غیریکنواخت روی ژنوم پراکنده شدند. کروموزوم-های 2، 3 و 7 دارای بیشترین تعداد ژن¬های RLK بودند و کروموزوم¬های 8، 10 و 11 کمترین تعداد ژن¬های RLK را دارا بودند. روی¬هم¬رفته، نتایج این پژوهش چارچوبی برای پژوهش¬های بیشتر روی مطالعات مقایسه¬ای، تکاملی و عملکردی اعضای ابرخانواده ژنی RLK فراهم نمود.
Subjects: Research Projects
Divisions: Subjects > Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Date Deposited: 30 Jun 2019 07:03
Last Modified: 30 Jun 2019 07:03
URI: http://repository.uma.ac.ir/id/eprint/8332

Actions (login required)

View Item View Item