A review on the lattice in boi-macromolecules folding investigations

Mohammadzadeh movaghghar, Rahim (2019) A review on the lattice in boi-macromolecules folding investigations. Masters thesis, University of Mohaghegh Ardabili.

[img] Text
R.M2.pdf

Download (1MB)
Official URL: http://uma.ac.ir/

Abstract

Research Aim: In this thesis, we first study and study the biomacromolecules and they role and importance. Then, we introduce the fundamentalsof statistical mechanics and simulation.Among theoretical studies, we focus on the lattice models, specially the HP lattice model.In this regard, at first the structural parameters and the role of atomics bonding are in vestigeted. Thence two main viewpoints in the problem of protein folding is assented. In con tinue ,three main physical properties of the pro teins ,i.e. structure ,thermodynamics and synthetic is studied Research method:In this thesis, we study the current literature in the field. Findings: the defects in the HP lattice model. We in vestigate the problem and suggeet to we the triangular lattice rather than the square lattice.this can help to solve the Leventhal paradox and other problems. Conclusion: HP model on square lattices, despite of advances and bene fits , sutfers From defects and is dis able to represent fine aspects of protein folding problem.by changing the lattice to a triangular one, fine structure any be revealed.

Item Type: Thesis (Masters)
Persian Title: مروری بر مدل‌های شبکه‌ای در شکل‌گیری ماکرو مولکول‌های زیستی
Persian Abstract: هدف: در این تحقیق وبررسی ابتدا به مطالعه وآشنایی با ماکرومولکول‌های زیستی و نقش اهمیت آن‌ها پرداخته می‌شود. سپس مبانی مکانیک آماری و اصول محاسبات شبیه سازی گفته می‌شود. در مطالعه نظری مزیت‌های مدل شبکه و بالاخص شبکهHP بررسی می‌شود. برای مطالعه مدل شبکه ابتدا عوامل ساختاری و نقش انواع پیوند‌های اتمی بررسی می‌شود. و سپس دو دیدگاه موجود برای پیچش پروتیین‌ها بررسی خواهد شد. در ادامه سه خاصیت اصلی و فیزیکی پروتیین‌ها یعنی ساختار، ترمودینامیک و سنتیک پروتیین‌ها به صورت گسترده بیان می‌شود. روش‌شناسی پژوهش:در نگارش این پایان نامه با مطالعه پژوهش‌های در جریان این رشته به بررسی این موضوع پرداخته خواهد شد. یافته‌ها: با توجه به مشکلات مطالعه مدل شبکهHP کاستی‌ها و نقص شبکه مربعیبررسی شده. و با مطالعه بر روی شبکه‌های موجود و با توجه به مشکلات شبکه مربعی، الگوریتم شبکه مثلثی برای پیچش پروتیین‌ها ارائه می‌شود که می‌تواند جوابی برای پارادوکس لوینتال و سایر مشکلات یا مسائل حل نشده باشد. نتیجه‌گیری: مدل HP بر روی شبکه مربعی علی رغم پیشرفت‌ها واطلاعاتی که در اختیار ما قرار داده، نقایصی اساسی دارد؛ که از نشان دادن کامل مراحل پیچش پروتیین‌ها ناتوان است. با تغییر این شبکه به شبکه مثلثی ضمن حل مشکلات مطالعاتی به جنبه‌های ظریف پیچش پروتیین‌ها می‌توان پی برد
Supervisor:
SupervisorE-mail
Tavana, AliUNSPECIFIED
Advisor:
AdvisorE-mail
-, -UNSPECIFIED
Subjects: Faculty of Basic Sciences > Department of Physics
Divisions > Faculty of Basic Sciences > Department of Physics
Divisions: Subjects > Faculty of Basic Sciences > Department of Physics
Faculty of Basic Sciences > Department of Physics
Date Deposited: 31 May 2020 08:15
Last Modified: 31 May 2020 08:15
URI: http://repository.uma.ac.ir/id/eprint/11429

Actions (login required)

View Item View Item