Sheikhbagher, Sanaz (2018) Survey of the Clonal Genealogies of Helicobacter pylori cagA Gene in Iran and Their Relationship to Gastrointestinal Diseases. Masters thesis, University of Mohaghegh Ardabili.
![]() |
Text
41.pdf Download (1MB) |
Abstract
Background & Aims: There is a relationship between cagA gene of Helicobacter pylori genes and the increased risk of clinical outcomes. This gene also possess strong patterns of geographical differentiation. The aim of the present study was to analyze the sequence of the N-terminal and central cagA gene of Helicobacter pylori to determine patterns of genetic diversity and its relation with clinical outcomes. Materials and Methods:656 nucleotides of cagA gene (413 nucleotides: the N-terminal region and 243 nucleotides: central region) in 95 strains of cagA positive from a total of 250 strains of H. pylori isolates from diverse geographical and ethnic sources within Iran, were sequenced and analyzed.We used phylogenetic methods to determine the patterns of nucleotide diversity, and the relationship between evolutionary lineages and clinical status by PCR amplification. Data were collected and analyzed using SPSS version 23. Results: Phylogenetic analyses of Iranian cagA gene disclosed four lineages. The cagA lineage II showed extensive genetic diversity compared with lineage I. cagA lineages III and IV disclosed mixed ancestries with recombinant nucleotides that originated from lineages I and II. cagA lineage II was different from the two Eastern and Western dynasties. In 250 H. pylori isolates recovered from patients with digestive disorders, 128/250 with non-atrophic gastritis (NAG), 59/250 with peptic ulceration (PUs) and 63/250 with gastric cancer (GC). In general, cagA+ genotype could be determined in 157 (62.8%) strains. Of the 157cagA+ strains, 45 (28.7%) had cagA lineage II genotype (NAG: 19.0%, PUs: 36.5%, and GC: 42.3%); and results of simple logistic regression analysis showed a strong correlation between this genotype and risk of GC [OR (95% CI) = 3.129 (1.198-8.171); P = 0.020] and Pus [OR (95% CI) = 2.45 (1.107-5.449); P = 0.027]. In the multiple logistic regression analysis, when the GC was considered as a dependent factor, after adjusting of variables of age and sex, the cagA lineage II genotype remained in the final model (P = 0.038, OR=3.254; 95% CI=1.069-9.903). Conclusion: The increased level of nucleotide diversity in H. pylori cagA gene shows strong evolutionary dynamics, led to the emergence of new clonal lineages in Iranian cagA gene particular cagA lineage II that was linked to GC and PUs diseases.
Item Type: | Thesis (Masters) | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Persian Title: | بررسی دودمان های کلونال ژن cagA هلیکوباکترپیلوری در ایران و ارتباط آنها با بروز بیماری های گوارشی | ||||||
Persian Abstract: | زمينه و هدف: بین ژن cagA هليكوباكترپيلوري و افزايش خطر بیماری¬های گوارشی ارتباط وجود دارد. این ژن همچنین الگوهای متفاوتی از نظر جغرافیایی دارد. هدف از مطالعه حاضر، آنالیز توالي انتهای آمینی و مرکزی ژن cagA هليكوباكترپيلوري به منظور تعيين الگوهاي تنوع ژنتيكي و ارتباط آن با پی¬آمدهای باليني می باشد. مواد و روش ها:656 نوکلئوتید از ژن cagA (413 نوکلئوتید ناحیه انتهای آمینی و 243 نوکلئوتید ناحیه مرکزی) در 95 سویه cagA مثبت هلیکوباکتر پیلوری از مجموع 250 سویه از منابع مختلف جغرافیایی و قومیتی مختلف در ایران، توالی¬یابی و تجزیه و تحلیل شدند و ما از روش های فیلوژنتیکی برای تعیین الگوهای تنوع نوکلئوتیدی استفاده کردیم و ارتباط بین دودمان¬های تکاملی و وضعیت های بالینی را با تکثیر PCR مورد بررسی قرار دادیم. داده ها جمع آوری شده و با استفاده از نرم افزار SPSS نسخه 23 آنالیز شدند. يافته ها: آنالیز فيلوژنتيکی ژن cagA در ايران چهار دودمان را نشان داد. lineage II ژن cagA در مقایسه با lineage I تنوع ژنتیکی گسترده ای نشان داد. دودمان های III و IV ژن cagA دارای نیای ترکیبی با نوکلئوتید های نوترکیب بودند و خاستگاه نیایی نوکلئوتیدها از دودمان های I و II منشا گرفته بودند. دودمان II cagA متفاوت ازهر دو سویه های شرقی و غربی بود. از 250 سویه¬ هلیکوباکترپیلوری مورد مطالعه از بیماران مبتلا به اختلالات گوارشی، 128 سویه از بیماران مبتلا به گاستریت غیر آتروفیک (NAG)، 59 سویه از بیماران با زخم گوارشی (PU) ) و 63 سویه از بیماران سرطان معده (GC) به دست آمده بودند. در کل، ژنوتیپ cagA + در 157 (62.8٪) سویه مشخص شد. از157 سویهcagA +، 45 سویه(7/28٪) ژنوتیپ دودمان II cagA (NAG: 19.0٪، PUs: 36.5٪ و GC: 42.3٪)رانشان دادند. نتایج آنالیز رگرسیون لجستیک ساده نشان داد که ارتباط قوی بین این ژنوتیپ و خطر بیماری¬ سرطان معده [OR (95% CI) = 3.129 (1.198-8.171); P = 0.020] و بیماری زخم گوارشی [OR (95% CI) = 2.45 (1.107-5.449); P = 0.027] وجود دارد. در آنالیز رگرسيون لجستيک چندگانه، زمانی که GC به عنوان متغیر وابسته در نظر گرفته شد، پس از کنترل متغيرهای سن و جنس، ژنوتيپ دودمان II cagA در مدل نهايی باقی ماند (P = 0.038، OR = 3.254، 95٪ CI = 1.069 -9.903 )تيجه گيري: افزايش سطح بالای تنوع نوكلئوتيدي در ژن cagA هلیکوباکترپیلوری، ديناميك تكاملي شديد را نشان داد كه منجر به ظهور دودمان كلونال جدید در ژن cagA ایرانی بویژه lineageII شد كه با بيماري هاي GC و PU مرتبط بود. | ||||||
Supervisor: |
|
||||||
Advisor: |
|
||||||
Subjects: | Faculty of Basic Sciences > Department of Biology Divisions > Faculty of Basic Sciences > Department of Biology |
||||||
Divisions: | Subjects > Faculty of Basic Sciences > Department of Biology Faculty of Basic Sciences > Department of Biology |
||||||
Date Deposited: | 19 Jul 2021 07:40 | ||||||
Last Modified: | 19 Jul 2021 07:40 | ||||||
URI: | http://repository.uma.ac.ir/id/eprint/13193 |
Actions (login required)
![]() |
View Item |