Investigation of genetic structure in three native Iranian horse breeds using D-LOOP region

Omari, Mostafa and Hedayat Evrigh, Nemat and Boustan, Azadeh and Seyed Sharifi, Reza and Vahedi, Vahid and Khalkhali, Reza (2017) Investigation of genetic structure in three native Iranian horse breeds using D-LOOP region. In: 1st International and 5th National Conference on Organic vs. Conventional Agriculture, 16-17 August 2017, Ardabil, Iran.

[img] Text
I-00080-AC-2-1.pdf

Download (620kB)
Official URL: http://www.uma.ac.ir

Abstract

The aim of this study was to evaluate the genetic structure and genetic relationship between three breeds of native horses’ native including Arab, Kord, and Dareshori using mitochondrial genome. Genomic DNA was extracted using the kit in 27 blood samples including Arab (10 samples), Kord (12 samples) and Dareshori (5 samples). Blood samples were collected from jugular vein and stored in -20 C until centrifuged in 14000 rpm. Total DNA was extracted using DNA extraction kit (Exgene Co, Korea). Specific primers were used to amplify 430 bp of D-Loop region and sequenced using Sanger sequencing methods. The sequences were analyzed with bioinformatics software. The results showed that the high genetic diversity in the investigated populations. Genetic and haplotype diversity were 0.024 and 0.990 respectively. The lowest differentiate genetic was observed between Arab and Darehshori (fst=0.167) and the highest was between Kord and Dareh Shouri (Fst= 0.191). The lowest genetic distance (DXY= 0.024)was observed between Arab and Dareshori breeds that indicates the close genetic relationship between them. Arab with Kordi breed had the highest genetic distance. In conclusion the results indicated that the Arab and Dareshori horses have close genetic relationship and there are more gene fellow and genetic mixture.

Item Type: Conference or Workshop Item (Poster)
Persian Title: بررسی ساختار ژنتیکی سه نژاد اسب های بومی ایران با استفاده از توالی های ناحیه D-LOOP
Persian Abstract: هدف از این پژوهش بررسی ساختار ژنتیکی و ارتباط ژنتیکی سه نژاد اسب بومی ایران شامل نژاد عرب، نژاد کرد و نژاد دره شوری (قشقایی) بود که با استفاده از ژنوم میتوکندریایی D- loopبرروی 27نمونه شامل عرب (۱۰ نمونه)، کرد (۱۲ نمونه) و دره شوری (۵ نمونه) مورد بررسی قرار گرفت.کلیهنمونه‌های خون از سياهرگ گردني اسب تهیه‌شده و تا زمان استخراج در دمای ۲۰- درجه سانتی‌گراد نگهداری شد. کل محتوای DNA با استفاده از روش کیت استخراج DNA از خون پستانداران شرکت Exgeneاستخراج شد.استخراج DNA از نمونه خون در تمامی نمونه‌ها با موفقیت انجام شد. الکتروفورز محصولات واکنش زنجیره‌ای پلیمراز بر روی ژل آگارز۵/۱ درصد نشان داد که پرایمرها به‌خوبی فعالیت نموده و قطعات اختصاصی برای ناحیه D-LOOP که به طول ۴۳۰ جفت باز می‌باشد تکثیر شده است سپس تمام توالی ها با استفاده از روش سنگر توالی یابی شدند و با استفاده از نرم افزار های بیوانفوراماتیکی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. نتایج نشان داد تنوع ژنتیکی بالا در نژادهای بررسی‌شده وجود دارد. مقدار تنوع نوکلئوتیدی و تنوع هاپلوتیپی برای کل نمونه‌ها به ترتیب 024/0 و 990/0 بهدست آمد کمترین مقدار Fst(تمایز ژنتیکی) (167/0) بین نمونه های نژاد عرب با نمونه های نژاد دره شوری که دارای بیش ترین جریان ژنی، کمترین فاصله ژنتیکی و بیش ترین شباهت ژنتیکی بودند مشاهده شد. از سوی دیگر بیشترینFst (191/0) بین نمونه های نژاد کرد با نمونه نژاد دره شوری که دارای کم ترین جریان ژنی، بیشترین فاصله ژنتیکی و کمترین شباهت ژنتیکی بودند مشاهدهگردید.کم‌ترین سطوح فاصله ژنتيكي یا DXY (024/0) را نژاد عرب با نژاد دره شوری یا قشقایی که نشان‌دهندهفاصله ژنتیکی نزدیک این دو نژاد باهم می‌باشد و بیش‌ترین سطوح فاصله ژنتیکی (239/0) مربوط به نژاد عرب با نژاد کرد بود. در کل نتایج نشان می دهد بین اسب های مورد مطالعه اسب های عرب و دره شوری رابطه ژنتیکی نزدیکی باهم دارند. جریان ژنی و اختلاط ژنتیکی در جمعیت های اسب ایران بیشتر می باشد.
Subjects: Divisions > Conferences > 1st International and 5th National Conference on Organic vs. Conventional Agriculture, 16-17 August 2017
Conferences > 1st International and 5th National Conference on Organic vs. Conventional Agriculture, 16-17 August 2017
Divisions: Conferences > 1st International and 5th National Conference on Organic vs. Conventional Agriculture, 16-17 August 2017
Subjects > Conferences > 1st International and 5th National Conference on Organic vs. Conventional Agriculture, 16-17 August 2017
Date Deposited: 01 Dec 2018 16:59
Last Modified: 01 Dec 2018 16:59
URI: http://repository.uma.ac.ir/id/eprint/4109

Actions (login required)

View Item View Item