Comparison of nucleotide sequences of VIPR-1 gene of native turkeys of Northwest of Iran with some domestic poultry

Hosseinpour, Leyli and Nikbin, Saeid and Hedayat Evrigh, Nemat and Elyasi Zariinghabaie, Ghorban (2017) Comparison of nucleotide sequences of VIPR-1 gene of native turkeys of Northwest of Iran with some domestic poultry. In: 1st International and 5th National Conference on Organic vs. Conventional Agriculture, 16-17 August 2017, Ardabil, Iran.

[img] Text
H-00068-AB-2.pdf

Download (310kB)
Official URL: http://www.uma.ac.ir

Abstract

The objective of this study is evaluate the VIPR-1 gene polymorphisms in indigenous turkeys from North-west of Iran. For this research 200 female turkeys were randomly selected ‌ from the breeding center of Tatar research station in East Azerbaijan, Iran. Their DNA was extracted by manual method from blood. Specific primers were designed by Primer3 software. The birds were genotyped using the SSCP method and sequencing the different pattern resulted. Three haplotypes derived from the indigenous turkeys. The results were compared with sequences of five different species taken from NCBI gene bank. The sequences were aligned by BioEdit software. The phylogenetic tree was made using the MEGA 6 software. The analysis of haplotypes, genetic distances, mean number of nucleotide differences were estimated by DnaSP5 software. The haplotype network was mapped among the species using the Network software. The results of sequencing analysis of indigenous turkeys of North-west of Iran with the sequence recorded in NCBI for VIPR-1 gene led to the identification of mutations that consequently led to find 7 haplotypes. The haplotype diversity and nucleotide diversity among the studied species were estimated 0/927 and 0.034, respectively. We observed more closely relationship between turkey and quail, and three species (i.e. Turkey, Quail and Chicken) were placed in the same cluster but more genetic differentiation observed between turkey with Anser and ducks.

Item Type: Conference or Workshop Item (Poster)
Persian Title: مقایسه¬ی توالی نوکلئوتیدهای ژن VIPR-1 بوقلمون بومی شمال غرب ایران با برخی طیور اهلی
Persian Abstract: هدف از این مطالعه بررسی پلی مورفیسم ژن VIPR-1 در بوقلمون های بومی شمال غربی ایران است. برای این منظور، 200 بوقلمون ماده به طور تصادفی از مرکز پرورش ایستگاه تحقیقاتی تاتار در آذربایجان شرقی انتخاب شدند. DNA آن¬ها با روش دستی از نمونه¬های خون استخراج شد. آغازگرها توسط نرم افزار Primer3 طراحی شدند. با استفاده از روش SSCP و توالی‌یابی الگوهای متفاوت حاصله، تعیین ژنوتیپ شدند سه هاپلوتیپ متفاوت از بوقلمون بومی به دست آمد. نتایج به دست آمده با توالی پنج گونه مختلف از بانک ژنی NCBI مقایسه شد. توالی ها با نرم افزار BioEdit هم تراز شدند. درخت فیلوژنتیک با استفاده از نرم افزار MEGA 6 ترسیم شد. تجزیه و تحلیل هاپلوتیپ¬ها، فاصله ژنتیکی، میانگین تعداد تفاوت های نوکلئوتیدی با نرم افزار DnaSP5 محاسبه شد. شبکه روابط هاپلوتیپی در بین گونه ها با استفاده از نرم افزار Network ترسیم شد. نتایج تجزیه و تحلیل توالی بوقلمون بومی شمال غربی ایران با توالی ثبت شده در NCBI برای ژن VIPR-1 منجر به شناسایی جهش هایی شد که به ایجاد 7 هاپلوتیپ منتهی شد و به ترتیب تنوع هاپلوتیپی ،تنوع نوکلئوتیدی 927/0 و 034/0 در گونه های مورد مطالعه شد. قرابت ژنتیکی بیشتری بین بوقلمون و بلدرچین مشاهده شد و سه گونه بوقلمون، بلدرچین و مرغ در یک کلاستر مشابهی قرار گرفتند ولی از غاز و اردک تمایز بیشتری را نشان می¬داد.
Subjects: Divisions > Conferences > 1st International and 5th National Conference on Organic vs. Conventional Agriculture, 16-17 August 2017
Conferences > 1st International and 5th National Conference on Organic vs. Conventional Agriculture, 16-17 August 2017
Divisions: Conferences > 1st International and 5th National Conference on Organic vs. Conventional Agriculture, 16-17 August 2017
Subjects > Conferences > 1st International and 5th National Conference on Organic vs. Conventional Agriculture, 16-17 August 2017
Date Deposited: 01 Dec 2018 16:56
Last Modified: 01 Dec 2018 16:56
URI: http://repository.uma.ac.ir/id/eprint/4118

Actions (login required)

View Item View Item