Phylogenetic relationships of some Vicia species

بزرگي, زهرا and اصغري, دكتر علي and شکرپور, دکتر مجيد and بدرزاده, مهندس ميکائيل (2011) Phylogenetic relationships of some Vicia species. Masters thesis, University of Mohaghegh Ardabili.

[img] Text
thesis.bozorgi.pdf

Download (627kB)
Official URL: http://uma.ac.ir/

Abstract

In order to study phylogenetic relationships between some Vicia species, 17 and 14 entries were studied using seed storage proteins electrophoresis and RAPDs analysis, respectively. The plant materials were collected from Ardebil city and it's adjacent regions and forests. Total seed storage proteins extracted from collected seeds and the DNA extracted from leaf samples of plants sown at greenhouse in Agronomy Faculty. Using 40 RAPD primers, 19 primers produced proper banding patterns with 425 polymorphic bands. Also, 38 distinct markers produced from seed storage protein electrophoresis. The obtained bands were scored as presence (1) and absence (0) and used in phylogenetic study of entries. The Nei and shanon genetic diversity indices calculated for RAPD and protein markers, separately, and did not observed considerable difference between two techniques in these indices. The phylogenetic tree was constructed using Neighbor Joining method based on RAPD, Protein and incorporate markers data. Subspecies and ecotypes of sativa species categorized in the same group in constructed phylogeny tree based on protein markers. In the upside categories, other species were appended to this group. In RAPD analysis, these subspecies and ecotypes categorized in a large group that subcategories of this group had other species. In another group, the two ecotypes of V. pannonica and V. cracca were categorized. Constructing phylogenetic tree using incorporated RAPD and protein markers produced results better than separated ones. These results showed that use of different marker techniques could be more efficient in studying relationship between the species. Also, Grouping of entries was done using PCoA method and the results obtained from constructing phylogenetic trees were confirmed. The produced distance matrices from RAPD and protein markers were compared using Mantel test and did not observed significant correlation between these two data sets.

Item Type: Thesis (Masters)
Persian Title: بررسي روابط خويشاوندي برخي گونه¬هاي جنس Vicia
Persian Abstract: به منظور بررسي روابط فيلوژنتيکی برخي گونه‌ها، زير¬گونه-ها و اکوتيپ¬هاي ماشک، 17 نمونه توسط الکتروفورز پروتئين¬هاي ذخيره¬اي دانه و 14 نمونه نيز در تجزيه RAPD مورد مطالعه قرار گرفتند. کليه نمونه¬ها از شهرستان اردبيل، مناطق و جنگل¬های هم¬جوار آن جمع‌آوري شده بود. پروتئين‌هاي ذخيره‌اي دانه از بذور جمع¬آوری شده و ¬DNAی نمونه‌ها از برگ بوته‌هاي کشت شده در گلخانه دانشکده کشاورزی استخراج شد. از ميان 40 آغازگر RAPD استفاده شده، 19 آغازگر، الگوی نواربندی مناسب داشتند و در کل 425 نوار چندشکل توليد نمودند. تعداد 38 نشانگر با وضوح بالا نيز از الکتروفورز پروتئين¬های ذخيره¬ای دانه ¬حاصل شد. نوارهاي حاصل به¬صورت وجود (1) و عدم وجود (0) امتيازدهي و در بررسی روابط خويشاوندی نمونه¬ها مورد استفاده قرار گرفتند. شاخص تنوع ژنی ني و شانون با استفاده از داده¬های مربوط به نشانگرهای RAPD و پروتئين به طور جداگانه محاسبه شد. اين دو تکنيک از نظر اين شاخص¬ها تفاوت قابل ملاحظه¬اي نداشتند. درخت فيلوژنی با استفاده از روش Neighubour-Joining بر اساس داده¬های حاصل از نشانگرهای پروتئين و RAPD به طور جداگانه و يک¬جا ترسيم شد. در درخت فيلوژنی براساس نشانگرهای پروتئينی، زيرگونه¬ها و اکوتيپ¬های گونه sativa در يک شاخه قرار گرفتند و در رده¬های بالاتر گونه-های ديگر به اين گروه پيوستند. در تجزيه RAPD نيز اين نمونه¬ها در يک شاخه بزرگ قرار گرفتند که در زير شاخه¬های آن گونه¬های ديگر نيز قرار داشتند. در اين درخت فيلوژنی دو اکوتيپ از گونه V. pannonica در يک شاخه و در رده بالاتر گونه V. cracca قرار گرفت. ترسيم درخت فيلوژنی با استفاده از ترکيب داده¬های دو سری نشانگر، نتايج بهتری ارايه کرد. اين نشان می¬دهد که با استفاده از تکنيک¬های مختلف می¬توان روابط گونه¬ها را بهتر مشخص کرد. گروه¬بندی نمونه¬ها با استفاده از روش تجزيه به مولفه¬های هماهنگ اصلی نيز انجام شد و نتايج حاصل از اين روش با درخت فيلوژنی در هر سه حالت تاحدودی هم¬خوانی داشت. مقايسه ميان دو ماتريس فاصله مربوط به نشانگرهای RAPD و پروتئين توسط آزمون مانتل انجام گرفت و همبستگي جزيي معنی¬داري بين اين دو دسته داده مشاهده شد.
Supervisor:
SupervisorE-mail
اصغري, دكتر عليUNSPECIFIED
شکرپور, دکتر مجيدUNSPECIFIED
Advisor:
AdvisorE-mail
بدرزاده, مهندس ميکائيلUNSPECIFIED
Subjects: Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Divisions > Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Divisions: Subjects > Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Agronomy & Plant Breeding
Date Deposited: 10 Jul 2019 06:27
Last Modified: 10 Jul 2019 06:27
URI: http://repository.uma.ac.ir/id/eprint/7709

Actions (login required)

View Item View Item