Determining suitable strategy for selection of reference population in genomic evaluation of dairy cattle

بوستان, آزاده and رضوان نژاد, الهام (2015) Determining suitable strategy for selection of reference population in genomic evaluation of dairy cattle. University of Mohaghegh Ardabili, University of Mohaghegh Ardabili.

[img] Text
کل گزارش طرح نهایی2.pdf

Download (1MB)
Official URL: http://uma.ac.ir/

Abstract

Two important questions about genomic evaluation are 1- the effectiveness or not effectiveness of using superior animals as reference population on the accuracy of estimated breeding value of selection candidates and 2- the effect of selection of superior animals for embryo transfer based on genomic evaluation on genetic improvement. In the first part of the current research, the accuracy of genomic evaluations when only superior animals (strategy1) were reference population was compared to situations in which the animals in reference population were a random sample of population (strategy2) and were selected from superior and inferior animals (strategy3) by simulation. The results showed that using only superior animals as reference population would decrease the accuracy of genomic evaluation. If the ratio of animals in the reference group is low (for example 10%) the difference between strategy1 and the other strategies would be more than the situation in which this ratio is high (for example 50%). In the second part of the current research the effect of selection of animals for embryo transfer based on genomic evaluation on genetic improvement of Iranian Holstein dairy cattle was estimated and the genetic improvement of embryo transfer with costs of it was compared. In the first strategy 10% of superior heifers, cows in parity 1 and 2 were assumed to be donor. In the second strategy heifers were not assumed as donors. The average genetic superiorities of progenies produced with strategy 1 for net merit (NM$) were US$54.25, US$64.17 and US$71.27 using traditional evaluation, genomic evaluation with 3k chip and genomic evaluation with 50k chip and with strategy 2 were US$68.14, US$84.04 and US$87.21, respectively and for each strategy using each method of breeding value estimation, genetic gain resulted from embryo transfer could justify the economic loss of it.

Item Type: Other
Persian Title: تعیین استراتژی مناسب برای انتخاب جامعه مرجع در ارزیابی ژنومیک گاوهای شیری
Persian Abstract: دو پرسش مطرح در زمینه ارزیابی ژنومیک، 1- تاثیر یا عدم تاثیرگذاری استفاده از حیوانات برتر به عنوان گروه پایه بر صحت ارزش اصلاحی برآوردی کاندیدای انتخاب، و 2- اثر انتخاب حیوانات برتر برای انتقال جنین بر اساس ارزیابی ژنومیک، بر پیشرفت ژنتیکی، می باشند. در بخش اول مطالعه حاضر صحت ارزیابی ژنومیک در شرایطی که فقط حیوانات برتر در جمعیت پایه بودند (استراتژی1) با شرایطی که حیوانات گروه پایه نمونه ای تصادفی از جمعیت بودند (استراتژی2) و شرایطی که این گروه از بین برترین و ضعیف ترین حیوانات انتخاب شده بودند (استراتژی3) توسط شبیه سازی مورد مقایسه قرار گرفت. نتایج نشان داد که به کار بردن تنها حیوانات برتر به عنوان جمعیت پایه صحت ارزیابی ژنومیک را می کاهد. اگر نسبت حیوانات در گروه پایه کم باشد (به طور مثال 10%)، تفاوت بین استراتژی1 و سایر استراتژی ها بیشتر از شرایطی است که این نسبت زیاد باشد (به طور مثال 50%). در بخش دوم مطالعه اثر انتخاب حیوانات برتر بر اساس ارزیابی ژنومیک برای انتقال جنین بر پیشرفت ژنتیکی در گاوهای شیری هلشتاین ایران برآورد و پیشرفت ژنتیکی حاصل از آن با هزینه های این تکنیک مورد مقایسه قرار گرفت. در استراتژی اول 10 درصد از تلیسه ها و گاوهای شکم اول و دوم برتر به عنوان دهنده فرض شدند. در استراتژی دوم تلیسه ها به عنوان دهنده فرض نشدند. نتایج نشان داد میانگین برتری ژنتیکی دختران تولید شده با استراتژی اول برای شایستگی ژنتیکی (NM$) به ترتیب 25/54، 17/64 و 27/71 دلار با به کار بردن ارزیابی سنتی، ارزیابی ژنومیک با تراشه k3 و ارزیابی ژنومیک با تراشه k50 و با استراتژی 2 به ترتیب 14/68، 04/84 و 21/87 بود و برای هر استراتژی و با به کار بردن هر روش برای تخمین ارزش اصلاحی، دستاورد ژنتیکی حاصل از انتقال جنین می توانست زیان ناشی از آن را توجیه نماید.
Subjects: Research Projects
Divisions: Subjects > Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Natural Resources
Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Natural Resources
Date Deposited: 23 Jun 2019 04:57
Last Modified: 23 Jun 2019 04:57
URI: http://repository.uma.ac.ir/id/eprint/7960

Actions (login required)

View Item View Item