Mitochondrial diversity and phylogenetic structure of Iranian domestic goats by COXI sequence

سید شریفی, دکتر رضا and سیدآبادی, دکتر حمید رضا and ساور سفلی, دکتر سیما (2017) Mitochondrial diversity and phylogenetic structure of Iranian domestic goats by COXI sequence. University of Mohaghegh Ardabili, University of Mohaghegh Ardabili.

[img] Text
گزارش نهایی sd nd اصلاحی- 18 مهر96.pdf

Download (1MB)
Official URL: http://uma.ac.ir/

Abstract

Mitochondrial DNA is one of the broadest molecular markers for phylogenetic studies in animals due to its simple genome structure. In this study, the genetic characteristics of native goats were investigated using DNA sequencing of Cytocrome oxidase I (COXI) to identify and distinguish between three breeds (Najdi, Adeni and Markaz) of Iran in 60 samples (20 samples of each race). DNA extraction was performed using an optimized salt method and the cytochrome oxidase I gene was amplified by PCR with a pair of primers. The phylogenetic tree was obtained using the Mega 6 software. The sequence of the cytochrome oxidase I gene of 1286 bp, including 4 variable locations and 3 haplotypes, is 1288 bp. The evolutionary relationship between beings is represented by a phylogenetic tree. The phyllogenic tree showed that Persian goats were clustered in a separate branch. This result is widely followed by the geographical distribution of these breeds in Iran and can be used in the design of conservation and management programs for Iranian goat breeds.

Item Type: Other
Persian Title: بررسي تنوع ميتوكندريايي و ساختار فيلوژنتيكي بزهاي بومي ايران با استفاده از توالي ناحیه COXI
Persian Abstract: چکیده: DNA میتوکندری یکی از گسترده‌ترین نشانگرهای مولکولی برای مطالعات فیلوژنتیک در حیوانات به علت ساختار ژنوم ساده آن است. در این مطالعه ویژگی‌هاي ژنتیکی بزهاي بومي با استفاده از تجزیه و تحلیل توالی DNA Cytochrome oxidase I (COXI) برای شناسایی و تمایز بین سه نژاد (نجدي، عدني و مرخز) ایران به تعداد 60 نمونه (20 نمونه از هر نژاد) بررسی شد. استخراج DNA با استفاده از روش بهینه شده نمكي انجام و ژن سیتوکروم اکسیداز I با روش PCR با یک جفت پرایمر، تکثیر شد. درخت فیلوژنتیکی با استفاده از نرم افزار Mega 6 به‌دست آمد. توالی ژن سیتوکروم اکسیداز I بزهای ایرانی به طول 1286 جفت باز شامل 4 مکان متغیر و 3 هاپلوتیپ است. ارتباط تکاملی بین نژادها به وسیله درخت فیلوژنتیک نمایش داده شد. درخت فیلوژنی نشان داد که بزهای ایرانی مورد مطالعه در یک شاخه جداگانه خوشه‌بندی شدند. این نتیجه به طور گسترده‌ از توزیع جغرافیایی این نژادها در ایران پیروی می‌کند و می‌تواند در طراحی برنامه¬های حفاظت و مدیریت نژادهای بز ایرانی مورد استفاده قرار گیرد.
Subjects: Research Projects
Divisions: Subjects > Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Animal Sciences & Food Industries
Faculty of Agricultural Sciences & Natural Resources > Department of Animal Sciences & Food Industries
Date Deposited: 30 Jun 2019 06:32
Last Modified: 30 Jun 2019 06:32
URI: http://repository.uma.ac.ir/id/eprint/8304

Actions (login required)

View Item View Item